Saradnja između BiH i NATO-a službeno je započela u decembru 2006. godine potpisivanjem Okvirnog dokumenta s NATO-om, ali međusobni odnosi, kao i planovi za budućnost godinama izazivaju brojne polemike u javnosti. Jedan od razloga za to je i činjenica da pojedinci, mahom iz FBiH, kao što je i Helez, tvrde da je BiH na putu ka članstvu u tom vojnom savezu, dok iz Srpske prstom upiru u dokument pod nazivom Plan reformi u kojem je podvučeno da saradnja ne prejudicira ulazak BiH u Alijansu. 

Zamjenik ministra odbrane Aleksandar Goganović je, govoreći o razgovoru sa zamjenikom generalnog sekretara NATO-a Radmilom Šekerinskom, rekao da u BiH ne postoji politički konsenzus o članstvu, ali da predstavnici iz Republike Srpske podržavaju saradnju sa NATO-om. 

Goganović je u četvrtak u Briselu istakao da Srpska podržava saradnju sa Alijansom u okviru postojećeg nivoa partnerskih odnosa, dodavši i to da je Šekerinska istakla važnost nastavka dijaloga i partnerstva sa NATO-om.

Istog dana je, s druge strane, iz Ministarstva odbrane BiH saopšteno da je u Briselu usvojen Prvi individualno prilagođeni partnerski program između BiH i NATO-a, uz ocjenu da to predstavlja korak bliže članstvu. 

- Time je ostvaren istorijski iskorak u okviru implementacije Akcionog plana za članstvo (MAP). BiH se nalazi u MAP, što predstavlja posljednji korak prije poziva u članstvo. Od svih zainteresovanih za pristupanje, BiH je trenutno najbliža ostvarenju tog cilja - poručeno je iz resora odbrane. 

U nastavku su citirane riječi Heleza. 

- Članstvo BiH u NATO savezu doprinijeće jačanju samog Saveza, a našu zemlju učiniti sigurnijom i stabilnijom. Evroatlantske integracije, a posebno pristupanje NATO savezu, predstavljaju ključni spoljnopolitički interes BiH. U okviru svojih zakonskih ovlašćenja učiniću sve kako bi se taj cilj i ostvario - izjavio je Helez povodom usvajanja Prvog individualno prilagođenog partnerskog programa BiH, a saopšteno iz ministarstva. 

Te navode je u petak prokomentarisao Goganović, naglasivši da je tumačenje da je partnerski program korak ka NATO-u rezultat nepoznavanja dokumenta ili svjesnog plasiranja dezinformacija.

- Takve tvrdnje su netačne. Od tri strateška cilja u okviru ITPP-a nijedan ne predviđa članstvo u NATO savezu. Riječ je o tehničkom i partnerskom okviru saradnje, sličnom Programu reformi, koji ne definiše članstvo kao cilj - pojasnio je Goganović.

Dodao je da i u ITPP-u i u Programu reformi jasno stoji da se aktivnosti sprovode bez prejudiciranja članstva, te da je ITPP po intenzitetu saradnje čak blaži od ranijeg PARP-a.

- Srpska podržava saradnju sa NATO savezom u postojećim okvirima, ali bez prejudiciranja pitanja članstva - poručio je Goganović i ponovio da je i na sastanku sa Radmilom Šekerinskom ponovio stav Srpske da ne podržava članstvo BiH u NATO-u, jer o tome ne postoji politički konsenzus u BiH, ali da ostaje posvećena partnerskoj saradnji u okviru postojećeg nivoa odnosa. 

Partnersku saradnju, s druge strane, poznaje i trenutno ključni dokument u odnosima sa Alijansom. 
Riječ je o Programu reformi BiH, a u najnovijem za 2025, čiji je nacrt bio u fazi konsultacija i iza kojeg je stala Komisija za saradnju sa NATO-om Savjeta ministara, piše da se isti podnosi bez prejudiciranja konačne odluke o članstvu. 

- Usvajanjem Programa reformi BiH 2025. biće omogućen kontinuiran rad institucija BiH na utvrđivanju prioriteta u realizaciji obaveza Bosne i Hercegovine koje proizlaze iz učešća BiH u NATO programu "Partnerstvo za mir". Ovaj dokument podnosi se bez prejudiciranja konačne odluke o članstvu - piše u Programu reformi. 

NATO je, kako se ističe, 2010. godine službeno pozvao BiH da se pridruži MAP, ovlašćujući Sjevernoatlantsko vijeće da prihvati prvi Godišnji državni program BiH. Vijeće je 2018. godine dalo do znanja da je spremno prihvatiti Godišnji državni program iz BiH. 

Poglavlja 

Plan reformi BiH je, naime, podijeljen u pet poglavlja. To su politička i ekonomska pitanja, odbrambena i vojna pitanja, pitanja resursa, bezbjednosna pitanja i pravna pitanja, a u svakom od njih opisuje se stanje i ciljevi.