Nestanak je prvi primijetio slikar Luis Beroud kada je u sali u kojoj je slika bila izložena poslednjih pet godina, umjesto slike zatekao samo okvir. Iako poznata, slika u to vrijeme još uvijek nije imala kultni status kakav uživa danas i nije bila izložena u posebnoj galeriji već u nizu, zajedno sa drugim slikama iz istog perioda.

Ostalo je zabilježeno da je potraga morala da sačeka nekoliko sati jer su čuvari, koje je Beroud prvo alarmirao, mislili da je slika namjerno uklonjena radi restauracije. 

Kada je konačno ustanovljeno da Đokonde nema, čitav Luvr je zatvoren na nedjelju dana, a Pariz je bukvalno bio pod opsadom.

Krađa je izazvala veliki skandal u Parizu. Francuska vlada je otpustila direktora Luvra. Na mjestu gde je izlagana Mona Liza, muzej je u naredne dvije godine izlagao djela inspirisana Leonardovim remek-djelom.

Glavni osumnjičeni - Pikaso!
Policija je prvo uhapsila kontroverznog francuskog pjesnika Gija Apolinera koji je javno pozivao na spaljivanje Luvra. Za vrijeme ispitivanja, Apoliner je bacio sumnju na svog prijatelja Pabla Pikasa za koga se pričalo da kupuje kradena umjetnička dela.

Tako je i Pikaso priveden kao osumnjičeni…

Tokom ispitivanja, dvojica umjetnika su davali protivriječne iskaze i demantovali jedan drugog što je dodatno pobudilo sumnju.

Ispostavilo se da Pikaso jeste posjedovao predmete ukradene iz Luvra koje je za njega ukrao obožavatelj – dvije iberske statue (ukradeno je tri) po kojima je kasnije naslikao svoje revolucionarno djelo “Gospođice iz Avinjona”.

Da stvar bude gora, obožavatelj koje je ukrao statue bio je Apolinerov prijatelj – Onore Josef Geri Peret. Nekoliko nedjelja nakon krađe Mona Lize, on je uhvaćen nakon što je treću statuu prodao pariskim novinama koje su odmah posumnjale da je povezan sa krađom Mona Lize.

Međutim, ispostavilo se da ni on, a ni Pikaso i Apoliner nemaju veze sa krađom čuvene Đokonde.                                                                                                                    

Krađa ili “povratak kući”
Sliku su spasile italijanske vlasti koje su, dvije godine kasnije, uhvatile izvjesnog Vinćenca Peruđa kada je pokušao da Mona Lizu proda lokalnom preprodavaču.

Peruđa je dobro poznavao Luvr, jer je pomagao u izgradnji zaštitnog stakla koje je štitilo Mona Lizu. On se 21. avgusta 1911. sakrio u prostorijama muzeja i u zoru, za svega nekoliko minuta ukrao čuvenu sliku.

Otkriveno je da je Peruđa dvije godine sliku skrivao u svom stančiću u Parizu, a onda je počeo da kontaktira dilere umjetninama u Italiji, nudeći sliku kao simbol nacionalnog ponosa. Bio je 12. decembar 1913. kada je policija upala u njegov stan u Firenci i tu, iza lažnog zida, pronašla Mona Lizu.

Do danas je ostala teorija po kojoj je Peruđa zapravo bio dio veće zavjere da se, nakon krađe originala, širom svijeta prodaju kopije.

Peruđa se branio time da je Mona Lizu htio da “vrati kući”. U pratećem pismu koje je slao potencijalnim “kupcima” navodio je da namjerava da vrati sliku u Italiju, a da za svoje troškove očekuje 500.000 lira “naknade” za ovaj patriotski čin. 

Na tom talasu, kada je policija zaplijenila sliku, dio javnosti je zahtijevao da ona ostane u Italiji. Međutim, italijanska vlada pristala je na to da Mona Lizu vrati muzeju Luvr. 

Posle izlaganja u Rimu, Milanu i Firenci, Mona Liza je uz veliku pompu vraćena u Francusku 4. januara 1914.

Što se Peruđe tiče, on je dobio blagu kaznu od sedam mjeseci zatvora i po izlasku sa robije živio je mirnim životom, oženio se i zasnovao porodicu. 

Na duge staze, ovo je samo doprinijelo popularnosti Mona Lize koja je nakon pronalaska postala još poznatija.